在淡煉乳制造中最重要的當推滅菌操作，高溫滅菌器采用的溫度，必須足以保證完全殺死乳中所有微生物。前已指出，必須用115.6℃保溫20分鐘的標準法滅菌，或用溫度、時間稍異而熱死點相等的方法，才有效果。為使每罐完全滅菌，全部乳罐必須在整個滅菌時間內，受熱均勻，罐間不許留有空隙。罐縫封口，必須緊密、從經驗看來，大多數廢品，多由于漏罐，所以密封是消滅廢品、保證質量的重要一環。

由于乳是一種營養豐富的食品，微生物極易繁殖生長，在加工過程中也易受到各種污染。當在牛乳處理過程中如不注意清潔衛生工作，或設備清洗消毒工作做得不徹底時，往往會導致污染，對微生物的檢驗證明，如果食品污染率較高，那么在食品內的微生物，總會存在著耐熱性的芽孢。而某些抗菌性細胞在1 20℃經過30分鐘才能被殺死，因此能耐，受殺菌時的加熱作用，因而在淡煉乳生產中，我們一定要盡景減少污染。

乳成分中的脂肪，蛋白質、鹽類等的存在，能影響傳熱效果，如“油脂”對于細菌的芽孢有“保護”作用，蛋白質也能增加細菌的抗熱性，結合這些特性，制訂出正確的殺菌方式，保證產品質量。高溫滅菌時，要使罐頭中心的溫度加熱到殺菌溫度，需要一定的時間，罐頭的傳熱速度與滅菌溫度有很大關系。淡煉乳在滅菌過程中，如加熱時間過長易引起蛋白質的凝固變質。因而淡煉乳生產中滅菌溫度和時間的控制要求較為嚴格。由于液體在流動時的傳熱較好，因此在淡煉乳滅菌時，要求罐頭在滅菌時能使罐內煉乳不斷搖動，這樣做同時可以控制淡煉乳的粘度。